動画ファイルを連結できるソフトをいろいろ試した結果、Free Video Converterというソフトが割と優秀だったので紹介しとく。
Free Video Converter | MP4 MP3 iPhone AVI FLV 動画変換フリー
http://www.freemake.com/jp/free_video_converter/
操作がちょっとわかりにくいけど、メインウィンドウ右上の[Join files]をONに設定するとファイルの結合ができる。処理開始前にビットレートなどのオプションが指定できるところから推測すると、単にファイルを連結するだけでなくエンコード処理も行っている模様。実行中はCPUパワーをかなり食っているので、たぶん間違いない。でも、もしきちんとエンコードしているとしたら、ffmpegよりも処理時間はかなり短い。
連結後のMP4ファイルを確認したら、僅かに音ズレしているものがあったけど、ソフトのせいかどうかは定かじゃない。ソースが悪かったかも。用途によっては、このソフトはかなり役立つかも。