リポジトリに含まれるファイルを、内容は変更さえずにパーミッションだけ変更しても「変更された」と見なされる。差分を取ると、確かに内容は変更されずにパーミッションだけが変わっている。
$ git diff HEAD test.php diff --git a/test.php b/test.php old mode 100644 new mode 100755
もし Git にパーミッション変更を無視させたければ以下を設定すれば良い。
$ git config core.filemode false
参考サイト
Git でファイルパーミッションの変更(chmod)を無視する – git config… « をぶろぐ
http://tetsuwo.tumblr.com/post/36066698390/git-chmod-git-config